Gıdada bulunması istenmeyen herhangi bir şeyin bulunması gıda kirlenmesidir. Gıdalar üç şekilde kirlenebilir:
Fiziksel kirlenme: Gıda olmayan yabancı maddeler, cam kırıkları, saç, sinek vb.
Kimyasal kirlenme: Gıdaların yetiştirilmesi sırasında kullanılan tarım ilaçları, yemek yenilen tabak, çatal vb.gibi araçların iyi durulanmaması nedeniyle üzerlerinde kalan deterjanlar, gıda ambalajında kullanılan özellikle renkli plastikler vb.
Biyolojik kirlenme: Gıdaları kirleterek gıda yolu ile oluşan hastalıklara ve gıda zehirlenmelerine sıklıkla yol açan patojen bakteriler.